Eskişehirspor 2020 yılında Başakşehir altyapısından Yunus Emre Alagöz'ü transfer etmişti. 2022 yılının Eylül ayında genç oyuncu profesyonel yapılmıştı. Eskişehirspor forması ile geçtiğimiz toplam 30 maça çıkan Yunus Emre Alagöz sezon sonunda yönetime ayrılmak istediğini söylemişti. 11 Eylül 2023 tarihinde Eskişehirspor ile Yunus Emre Alagöz'ün yolları resmi olarak ayrılmıştı.
2002 yılında Sakarya'nın Hendek ilçesinde dünyaya gelen Yunus Emre Alagöz memleketine geri döndü ve Sakarya Hendekspor ile anlaştı. Kulüp binasında düzenlenen imza töreni ile 21 yaşındaki oyuncu yeni kulübü ile sözleşme imzaladı. Sakarya Hendekspor 2023-2024 futbol sezonunda Bölgesel Amatör Lig'de mücadele edecek.
